Його ім’я через століття стало для української молоді дороговказною зіркою честі, гідності та патріотизму, перетворившись на легенду, а сучасники його любили і ненавиділи всі серцем. Байдужим харизматична особистість Івана Богуна не залишала нікого, адже він легко змінював вчорашніх союзників на їх опонентів, якщо це було корисно Україні.
Він був супротивником будь-яких компромісів за рахунок інтересів України і це в середині XVII століття, коли Запорізька Січ після смерті Богдана Хмельницького та фактичного провалу визвольної війни перебувала в уразливому становищі руїни. Він не прийняв присягу московському цареві, та й поляки, король яких Ян II Казимир всіма доступними засобами від матеріальних благ до лестощів намагався купити прихильність впливового українського полковника, були від нього не в захваті…
Вимушена покора польській короні Юрія Хмельницького в якості гетьмана війська Запорізького та призначення Богуна наказним гетьманом не змінили віри останнього в праве діло боротьби рідної землі за незалежність всіма доступними засобами, а їх в розпорядженні високопоставленого армійського начальника було не мало.
Чого вартий підрив польської облоги Глухова за допомогою передачі захисникам секретної інформації, постачання з польських же складів для них пороху, організації вилазок з ударами по найбільш незахищених місцях лінії нападників, про що гнівно пише літописець Єрмич. За цей місяць вимушеної затримки московити разом з козаками гетьмана Брюховецького встигли впритул наблизиться до нападників.
Але новим планам українського полковника (під час битви двох імперій силами козацьких загонів вдарити в тил військам Посполитої) не судилося втілиться в життя – 27 лютого 1664-ого литовсько-польське військо на чолі з королем стало під Новгород-Сіверським, а вдень на раді козацьких старшин Івана Богуна заарештували. Причому королівська рада стала єдиним місцем, де українського героя могли заарештувати, бо решту часу він завжди знаходився під надійним захистом своїх однополчан.
Загибель же козацького полковника досі залишається таємницею за сімома печатками, причому існує три основні версії, перша з яких спирається на свідчення Я.В. Почобут-Одланіцкого – Богун був убитий під час арешту при чиненні опору (можливо самими членами ради), згідно з другої – помер від отриманих ран під час етапування (за даними офіційної відповіді влади на запит козацької старшини про видачу бранця), а за третьою – розстріляний у в’язниці без суду і слідства як «найбільш злобна людина на світі», – за твердженням Яна II Казимира.
Ненависть поляків до цього патріоту України, якого не змогли купити все милість їхнього короля, була настільки сильна, що навіть через сторіччя їх історики демонізували Богуна під ім’ям Шолудівий Буняк (прототипом послужив половецький князь з Повісті минулих літ), приписуючи йому всі смертні гріхи аж до поїдання людей.
Реальним же результатом його смерті був фактичний провал польської військової компанії 1663 – 1664 років, а також остаточний розрив відносин між Річчю Посполитою і правобережним козацтвом.